Szkoła Podstawowa Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny im. Błogosławionej Bolesławy Lament w Białymstoku została założona w 2000 roku przez Zgromadzenie Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny z siedzibą w Komorowie. Uroczystości inaugurujące rok szkolny 2000/2001 miały miejsce 28 października 2000r. Rozpoczęły się Mszą Świętą w Bazylice Archikatedralnej, sprawowaną przez J. E. Ks. Arcybiskupa Stanisława Szymeckiego. Następnie w sali kina Ton odbyła się połączona ze ślubowaniem uczniów akademia, w której wziął udział Prezydent Miasta Białegostoku Ryszard Tur. 

Naukę w budynku przy ulicy Świętojańskiej 16 rozpoczęło 34 uczniów w dwóch klasach pierwszych oraz 15 sześciolatków. Funkcję dyrektora szkoły  powierzono   s. Emanueli Mariannie Szefel oraz s. Milenie Podlasin.

W pierwszym roku działalności szkoły doniosłym wydarzeniem była dziesiąta rocznica beatyfikacji patronki Błogosławionej Bolesławy Lament, uczczona przez dyrekcję, nauczycieli i uczniów procesją dziękczynną ulicami miasta, z relikwiami Błogosławionej.

Ze względu na wzrastające zapotrzebowanie społeczne we wrześniu 2001 roku szkoła została przeniesiona do większego, gruntownie wyremontowanego budynku przy ulicy Dobrej 1a (dawnych warsztatów Zespołu Szkół Elektrycznych). W nowym roku szkolnym 2001/2002 naukę rozpoczęło już 82 uczniów.

Ponieważ zainteresowanie szkołą z roku na rok wzrastało, w 2003 roku władze Zgromadzenia Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny zdecydowały się nabyć dodatkowy budynek przy ulicy Mickiewicza 43, w którym dawniej istniała Szkoła Włókiennicza. Pomieszczenia wymagały gruntownego remontu, który odbył się w czasie wakacji 2004 roku.

W roku szkolnym 2003/2004 w budynku przy ulicy Dobrej 1a uczyli się uczniowie klas I-III. W szkole przy ulicy Mickiewicza 43 naukę kontynuowali uczniowie klas IV-VI oraz kształcenia zintegrowanego. 

Ważnym wydarzeniem w historii szkoły były obchody jubileuszu 100-lecia istnienia Zgromadzenia Sióstr Misjonarek. Z tej okazji w dniach 27-29 stycznia 2006 roku nauczyciele i uczniowie wzięli udział w triduum ku czci Błogosławionej Bolesławy Lament, które odbyło się w sanktuarium przy ulicy Stołecznej 5.

Na przełomie kwietnia i maja 2007 roku w budynku szkoły przy ulicy Mickiewicza 43 Kapituła Generalna Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny dokonała wyboru nowej Matki Generalnej i nowego Zarządu Zgromadzenia.

8 czerwca 2007 roku J.E. Ks. Arcybiskup Edward Ozorowski przeprowadził po raz pierwszy w szkole wizytację duszpasterską. Metropolita Białostocki spotkał się z dyrekcją, gronem pedagogicznym oraz uczniami. 

W grudniu 2007 roku oddano do użytku - po niespełna półtorarocznej budowie – dużą, nowoczesną, pełnowymiarową halę sportową z dwiema ściankami wspinaczkowymi.

W roku 2008, podczas peregrynacji kopii obrazu Jezusa Miłosiernego w Archidiecezji Białostockiej, społeczność szkolna uczestniczyła w adoracji obrazu w sanktuarium Błogosławionej Bolesławy Lament, a także  w kościele pw Matki Bożej Fatimskiej. 

Kolejnym doniosłym wydarzeniem w historii szkoły była uroczystość poświęcenia sztandaru szkoły podstawowej oraz hali sportowej, która odbyła się 15 listopada 2008 roku. Mszy Świętej w Bazylice Archikatedralnej przewodniczył J.E. Ks. Arcybiskup Edward Ozorowski. Uroczystość uświetniły swoją obecnością władze miejskie, oświatowe, kościelne i zakonne.

W roku 2010 Szkoła Podstawowa Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny im. Błogosławionej Bolesławy Lament w Białymstoku świętowała jubileusz  dziesięciolecia  powstania szkoły.  Z   tej  okazji 23 października 2010 roku odbyła się uroczystość, podczas której J. E. Ks. Arcybiskup Edward Ozorowski poświęcił kaplicę szkolną oraz sztandar gimnazjum.

W latach 2012-2013 wybudowana została nowa część szkoły. W ramach rozbudowy powstał 3-piętrowy budynek o powierzchni 216m2 z salami lekcyjnymi, łazienkami i pomieszczeniami biurowymi.

Kolejne lata istnienia szkoły to kolejna rozbudowa. W latach 2014-2015 powstał budynek z nowoczesną kuchnię i zapleczem socjalnym i magazynowym, obszerna jadania, 3 sale lekcyjne, mała sala gimnastyczna, planetarium i pokój nauczycielski.

W czasie wakacji roku 2017 szkoła została uzyskała nową elewację oraz wymieniony został przeciekający już dach.

Tradycją szkoły od początku jej istnienia stały się rekolekcje dla uczniów, rodziców i nauczycieli. Pierwsze spotkania formacyjne odbyły się w dniach 29 I – 2 II 2001 roku w domu zakonnym przy ulicy Zielnej 16, poprowadził je ks. Bogusław Urban. 

Od 2001 roku uczniowie szkoły podstawowej systematycznie biorą udział w programach TVP3 Białystok, a w 2006 roku uczestniczyli również w nagrywanej przez Telewizję Trwam audycji poświęconej życiu i działalności Błogosławionej Bolesławy Lament.

Od 2002 roku w szkole organizowane są spotkania Białej Armii. Zainaugurował je włoski ksiądz Giovanni Antonucci, który 13 lutego 2002 roku przybył z figurą Matki Bożej Fatimskiej i zachęcił dzieci do odmawiania modlitwy różańcowej.

Uczniowie Szkoły Podstawowej Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny im. Błogosławionej Bolesławy Lament w Białymstoku od 2005 roku uczestniczą w nabożeństwach w ramach corocznego Tygodnia Modlitw o Jedność Chrześcijan.

Organizowane od 2006 roku spotkania z siostrami pracującymi na misjach w Afryce przyczyniają się do wzrostu wrażliwości uczniów na potrzeby drugiego człowieka.

Do tradycji szkoły należy również coroczny Festyn Rodzinny w Świętej Wodzie, w którym biorą udział uczniowie, nauczyciele i rodzice.

Szkoła Podstawowa Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny od początku istnienia łączy edukację z ewangelizacją, troszcząc się nie tylko o poziom nauczania, ale również o rozwój duchowy uczniów, co jest cechą charakterystyczną szkoły o tożsamości katolickiej.