Szkoła Podstawowa Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny im. Błogosławionej Bolesławy Lament w Białymstoku została założona w 2000 roku przez Zgromadzenie Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny z siedzibą w Komorowie. Uroczystości inaugurujące rok szkolny 2000/2001 miały miejsce 28 października 2000r. Rozpoczęły się Mszą Świętą w Bazylice Archikatedralnej, sprawowaną przez J. E. Ks. Arcybiskupa Stanisława Szymeckiego. Następnie w sali kina Ton odbyła się połączona ze ślubowaniem uczniów akademia, w której wziął udział Prezydent Miasta Białegostoku Ryszard Tur. 

Naukę w budynku przy ulicy Świętojańskiej 16 rozpoczęło 34 uczniów w dwóch klasach pierwszych oraz 15 sześciolatków. Funkcję dyrektora szkoły  powierzono   s. Emanueli Mariannie Szefel oraz s. Milenie Podlasin.

W pierwszym roku działalności szkoły doniosłym wydarzeniem była dziesiąta rocznica beatyfikacji patronki Błogosławionej Bolesławy Lament, uczczona przez dyrekcję, nauczycieli i uczniów procesją dziękczynną ulicami miasta, z relikwiami Błogosławionej.

Ze względu na wzrastające zapotrzebowanie społeczne we wrześniu 2001 roku szkoła została przeniesiona do większego, gruntownie wyremontowanego budynku przy ulicy Dobrej 1a (dawnych warsztatów Zespołu Szkół Elektrycznych). W nowym roku szkolnym 2001/2002 naukę rozpoczęło już 82 uczniów

Ponieważ zainteresowanie szkołą z roku na rok wzrastało, w 2003 roku władze Zgromadzenia Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny zdecydowały się nabyć dodatkowy budynek przy ulicy Mickiewicza 43, w którym dawniej istniała Szkoła Włókiennicza. Pomieszczenia wymagały gruntownego remontu, który odbył się w czasie wakacji 2004 roku.

W roku szkolnym 2003/2004 w budynku przy ulicy Dobrej 1a uczyli się uczniowie klas I-III. W szkole przy ulicy Mickiewicza 43 naukę kontynuowali uczniowie klas IV-VI oraz kształcenia zintegrowanego. 

Ważnym wydarzeniem w historii szkoły były obchody jubileuszu 100-lecia istnienia Zgromadzenia Sióstr Misjonarek. Z tej okazji w dniach 27-29 stycznia 2006 roku nauczyciele i uczniowie wzięli udział w triduum ku czci Błogosławionej Bolesławy Lament, które odbyło się w sanktuarium przy ulicy Stołecznej 5.

Na przełomie kwietnia i maja 2007 roku w budynku szkoły przy ulicy Mickiewicza 43 Kapituła Generalna Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny dokonała wyboru nowej Matki Generalnej i nowego Zarządu Zgromadzenia.

8 czerwca 2007 roku J.E. Ks. Arcybiskup Edward Ozorowski przeprowadził po raz pierwszy w szkole wizytację duszpasterską. Metropolita Białostocki spotkał się z dyrekcją, gronem pedagogicznym oraz uczniami. 

W grudniu 2007 roku oddano do użytku - po niespełna półtorarocznej budowie – dużą, nowoczesną, pełnowymiarową halę sportową z dwiema ściankami wspinaczkowymi.

W roku 2008, podczas peregrynacji kopii obrazu Jezusa Miłosiernego w Archidiecezji Białostockiej, społeczność szkolna uczestniczyła w adoracji obrazu w sanktuarium Błogosławionej Bolesławy Lament, a także  w kościele pw Matki Bożej Fatimskiej. 

Kolejnym doniosłym wydarzeniem w historii szkoły była uroczystość poświęcenia sztandaru szkoły podstawowej oraz hali sportowej, która odbyła się 15 listopada 2008 roku. Mszy Świętej w Bazylice Archikatedralnej przewodniczył J.E. Ks. Arcybiskup Edward Ozorowski. Uroczystość uświetniły swoją obecnością władze miejskie, oświatowe, kościelne i zakonne.

W roku 2010 Szkoła Podstawowa Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny im. Błogosławionej Bolesławy Lament w Białymstoku świętowała jubileusz  dziesięciolecia  powstania szkoły.  Z   tej  okazji 23 października 2010 roku odbyła się uroczystość, podczas której J. E. Ks. Arcybiskup Edward Ozorowski poświęcił kaplicę szkolną oraz sztandar gimnazjum.

Tradycją szkoły od początku jej istnienia stały się rekolekcje dla uczniów, rodziców i nauczycieli. Pierwsze spotkania formacyjne odbyły się w dniach 29 I – 2 II 2001 roku w domu zakonnym przy ulicy Zielnej 16, poprowadził je ks. Bogusław Urban. 

Od 2001 roku uczniowie szkoły podstawowej systematycznie biorą udział w programach TVP3 Białystok, a w 2006 roku uczestniczyli również w nagrywanej przez Telewizję Trwam audycji poświęconej życiu i działalności Błogosławionej Bolesławy Lament.

Od 2002 roku w szkole organizowane są spotkania Białej Armii. Zainaugurował je włoski ksiądz Giovanni Antonucci, który 13 lutego 2002 roku przybył z figurą Matki Bożej Fatimskiej i zachęcił dzieci do odmawiania modlitwy różańcowej.

Uczniowie Szkoły Podstawowej Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny im. Błogosławionej Bolesławy Lament w Białymstoku od 2005 roku uczestniczą w nabożeństwach w ramach corocznego Tygodnia Modlitw o Jedność Chrześcijan.

Organizowane od 2006 roku spotkania z siostrami pracującymi na misjach w Afryce przyczyniają się do wzrostu wrażliwości uczniów na potrzeby drugiego człowieka.

Do tradycji szkoły należy również coroczny Festyn Rodzinny w Świętej Wodzie, w którym biorą udział uczniowie, nauczyciele i rodzice.

Szkoła Podstawowa Sióstr Misjonarek Świętej Rodziny od początku istnienia łączy edukację z ewangelizacją, troszcząc się nie tylko o poziom nauczania, ale również o rozwój duchowy uczniów, co jest cechą charakterystyczną szkoły o tożsamości katolickiej.